La evaluación de tecnologías sanitarias está firmemente asentada en el método científico. Los procedimientos y métodos que sigue la AETSA se basan en procedimientos y métodos internacionalmente reconocidos y acordados con los miembros de las redes con las que colabora. Estos métodos se recogen en diferentes guías metodológicas:

Para la elaboración de Guías de prácticas clínicas seguimos el manual de Guíasalud:

La actualización y desarrollo de estos métodos se realiza de forma coordinada con las agencias públicas que conformamos la Red  de Agencias de Evaluación de Tecnologías Sanitarias y Prestaciones del Sistema Nacional de Salud (RedETS) que asume el compromiso de actualizar, normalizar y armonizar los procedimientos y métodos entre los miembros de la RedETS y de hacer explícitos los procedimientos y métodos para el abordaje y ejecución de los proyectos de evaluación de tecnologías sanitarias que se desarrollan, asumiendo un compromiso con la transparencia y calidad en la ETS.

Para configurar el Plan de evaluación anual, la AETSA realiza periódicamente un procedimiento de identificación y priorización de necesidades y oportunidades en evaluación de tecnologías sanitarias contando con la colaboración de los centros y profesionales del Sistema Sanitario Público de Andalucía.