Utility of QF_PCR in prenatal diagnosis of fetal aneuploidies
2015
ANÁLISIS CLÍNICOS, BIOQUÍMICA CLÍNICA, MEDICINA INTERNA
TEC. SANITARIA. EXCLU. MED.
INFORMES DE EVALUACIÓN
- + Año
-
2015
- + Áreas de Conocimiento
-
ANÁLISIS CLÍNICOS, BIOQUÍMICA CLÍNICA, MEDICINA INTERNA
- + Tipo Tecnología
-
TEC. SANITARIA. EXCLU. MED.
- + Línea de Producción
-
INFORMES DE EVALUACIÓN
Se evalúa el diagnóstico prenatal de aneuploidías fetales con QF-PCR frente al cariotipo a través de una revisión sistemática. La técnica QF-PCR no permite estudiar la dotación cromosómica fetal completa y es menos precisa que el cariotipo, aunque resulta más económica, más rápida y cuenta con la posibilidad de automatización.
Introducción.
Las cromosomopatías fetales son un grupo de enfermedades congénitas que representan un importante problema de salud, por ser causa de mortalidad perinatal y discapacidad infantil. Su estudio constituye la indicación más frecuente de diagnóstico prenatal mediante amniocentesis o biopsia de vellosidades coriales. El diagnóstico prenatal de anomalías cromosómicas consiste en el análisis de las células fetales presentes en el líquido amniótico o en vellosidades coriales. El cariotipo mediante bandas G es una técnica que lleva aplicándose desde los años 70 en el diagnóstico de anomalías cromosómicas fetales. En la actualidad, además del análisis citogenético convencional se utilizan otras técnicas basadas en la citogenética y en la genética molecular. QF-PCR es una de estas técnicas y está basada en una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que consiste en la amplificación de secuencias genómicas repetitivas (más concretamente, de STR altamente polimórficos, y, por tanto, muy informativos) localizadas en los cromosomas de interés. Se analizan el número de alelos por cromosoma y la intensidad fluorescente relativa, permitiendo conocer el número de cromosomas presentes por célula.
Objetivo.
Evaluación de la utilidad diagnóstica en términos de precisión y seguridad de QF-PCR en el diagnóstico prenatal de aneuploidías fetales en muestras de líquido amniótico o vellosidades coriales en mujeres embarazadas con alto riesgo de anomalías cromosómicas en el cribado prenatal.
Material y métodos.
Revisión sistemática de la literatura sobre la precisión y seguridad de diagnóstico prenatal con QF-PCR en muestras procedentes de mujeres embarazadas con riesgo de anomalías cromosómicas, obtenidas mediante técnicas invasivas (líquido amniótico o vellosidades coriales). Se realizó una búsqueda de documentos hasta septiembre de 2013 en las bases de datos referenciales MEDLINE (Ovid), EMBASE, SCI y PREMEDLINE. Se complementó con consultas a la base de datos de Cochrane Colaboration, CRD, NICE, INAHTA, CADTH y AUnETS. Tras la extracción de datos, se clasificaron los documentos recuperados en dos grupos, uno de ellos formado por los programas de detección de anomalías cromosómicas y otro grupo constituido por los estudios primarios que evaluaban la precisión.
Resultados.
Se seleccionaron 5 estudios para evaluar la precisión y 4 programas de detección de anomalías cromosómicas que incluyeron información sobre la utilización de la técnica QF-PCR.
- En los 5 estudios seleccionados, la detección de anomalías cromosómicas fetales en embarazos de alto riesgo mediante QF-PCR obtuvo una sensibilidad entre 82 % y 100 % y una especificidad entre 99 % y 100 %.
- Con la utilización de QF-PCR como técnica única en el diagnóstico prenatal de anomalías cromosómicas, en los 5 estudios se obtuvo una tasa de falsos negativos entre 0 y 18 %. Solo en un estudio se expone un resultado falso positivo e informado como trisomía 13 mediante QF-PCR. La tasa de falsos positivos calculada para este estudio es del 1 %.
- El valor predictivo positivo fue calculado en 3 de los 4 estudios incluidos, obteniéndose unos resultados entre el 99 % y el 100 %. El valor predictivo negativo solo pudo ser calculado en un estudio y su resultado fue del 98 %.
- Entre las anomalías cromosómicas no detectadas mediante QFPCR, se encontraron anomalías estructurales como translocaciones, deleciones, inversiones, marcadores supernumerarios que no contenían alguno de los marcadores cromosómicos analizados, mosaicismos con presencia de una línea celular anómala en menos del 15 % de la muestra y otras aneuploidías distintas a las de los cromosomas 13, 18 y 21.
- En los estudios localizados no se incluyeron resultados referidos a la seguridad.
Conclusiones
- La QF-PCR es una técnica menos precisa que el cariotipo y no permite estudiar la dotación cromosómica completa fetal. Frente a los estudios citogenéticos clásicos, presenta ventajas como un menor coste, posibilidad de automatización y rapidez en el diagnóstico, no siendo necesario el cultivo de la muestra. Como desventajas se presentan los fallos de detección de aneuploidías de otros cromosomas diferentes al 13, 18, 21, no detección de pequeños mosaicismos de estos cromosomas y no detección de anomalías estructurales.
- La tasa de falsos negativos de la QF-PCR fue mayor que la detectada en los análisis citogenéticos y se obtuvo principalmente en mosaicismos y anomalías estructurales. Las trisomías de los cromosomas 13, 18 y 21 fueron las patologías con menor número de falsos negativos, siendo, por tanto, de mayor rentabilidad diagnóstica. Sólo un estudio presentó un resultado falso positivo, debido a mosaicismo confinado en la placenta.
- En los estudios localizados no se describieron resultados referidos a la seguridad. Al ser una técnica invasiva no exenta de riesgo, sería relevante conocer los datos obtenidos sobre posibles eventos adversos relacionados con la recogida de la muestra mediante registro de eventos adversos.
- Se ha localizado una única experiencia en el Reino Unido que recomienda la realización de QF-PCR para el diagnóstico prenatal de síndrome de Down en embarazos con un riesgo superior a 1/150 en el cribado prenatal de síndrome de Down. Para el resto de las indicaciones la técnica diagnóstica elegida es el cariotipo. En otros países, como Suecia y Holanda, se ofrece a las embarazadas la posibilidad de elegir entre cariotipo o QF-PCR.
- En España, en concreto en la Comunidad de Asturias, se ha comenzado a recomendar como técnica única la QF-PCR, aunque señalan la conveniencia de ser prudente y solicitar ambas pruebas por el momento. Indican que la QF-PCR es admisible para gestaciones con prueba de cribado positiva, pero el cariotipo debe realizarse de forma simultánea si hay antecedentes familiares o personales de anomalías cromosómicas o datos ecográficos positivos.
Las cromosomopatías fetales son un grupo de enfermedades congénitas que representan un importante problema de salud, por ser causa de mortalidad perinatal y discapacidad infantil. Su estudio constituye la indicación más frecuente de diagnóstico prenatal mediante amniocentesis o biopsia de vellosidades coriales. El diagnóstico prenatal de anomalías cromosómicas consiste en el análisis de las células fetales presentes en el líquido amniótico o en vellosidades coriales. El cariotipo mediante bandas G es una técnica que lleva aplicándose desde los años 70 en el diagnóstico de anomalías cromosómicas fetales. En la actualidad, además del análisis citogenético convencional se utilizan otras técnicas basadas en la citogenética y en la genética molecular. QF-PCR es una de estas técnicas y está basada en una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que consiste en la amplificación de secuencias genómicas repetitivas (más concretamente, de STR altamente polimórficos, y, por tanto, muy informativos) localizadas en los cromosomas de interés. Se analizan el número de alelos por cromosoma y la intensidad fluorescente relativa, permitiendo conocer el número de cromosomas presentes por célula.
Objetivo.
Evaluación de la utilidad diagnóstica en términos de precisión y seguridad de QF-PCR en el diagnóstico prenatal de aneuploidías fetales en muestras de líquido amniótico o vellosidades coriales en mujeres embarazadas con alto riesgo de anomalías cromosómicas en el cribado prenatal.
Material y métodos.
Revisión sistemática de la literatura sobre la precisión y seguridad de diagnóstico prenatal con QF-PCR en muestras procedentes de mujeres embarazadas con riesgo de anomalías cromosómicas, obtenidas mediante técnicas invasivas (líquido amniótico o vellosidades coriales). Se realizó una búsqueda de documentos hasta septiembre de 2013 en las bases de datos referenciales MEDLINE (Ovid), EMBASE, SCI y PREMEDLINE. Se complementó con consultas a la base de datos de Cochrane Colaboration, CRD, NICE, INAHTA, CADTH y AUnETS. Tras la extracción de datos, se clasificaron los documentos recuperados en dos grupos, uno de ellos formado por los programas de detección de anomalías cromosómicas y otro grupo constituido por los estudios primarios que evaluaban la precisión.
Resultados.
Se seleccionaron 5 estudios para evaluar la precisión y 4 programas de detección de anomalías cromosómicas que incluyeron información sobre la utilización de la técnica QF-PCR.
- En los 5 estudios seleccionados, la detección de anomalías cromosómicas fetales en embarazos de alto riesgo mediante QF-PCR obtuvo una sensibilidad entre 82 % y 100 % y una especificidad entre 99 % y 100 %.
- Con la utilización de QF-PCR como técnica única en el diagnóstico prenatal de anomalías cromosómicas, en los 5 estudios se obtuvo una tasa de falsos negativos entre 0 y 18 %. Solo en un estudio se expone un resultado falso positivo e informado como trisomía 13 mediante QF-PCR. La tasa de falsos positivos calculada para este estudio es del 1 %.
- El valor predictivo positivo fue calculado en 3 de los 4 estudios incluidos, obteniéndose unos resultados entre el 99 % y el 100 %. El valor predictivo negativo solo pudo ser calculado en un estudio y su resultado fue del 98 %.
- Entre las anomalías cromosómicas no detectadas mediante QFPCR, se encontraron anomalías estructurales como translocaciones, deleciones, inversiones, marcadores supernumerarios que no contenían alguno de los marcadores cromosómicos analizados, mosaicismos con presencia de una línea celular anómala en menos del 15 % de la muestra y otras aneuploidías distintas a las de los cromosomas 13, 18 y 21.
- En los estudios localizados no se incluyeron resultados referidos a la seguridad.
Conclusiones
- La QF-PCR es una técnica menos precisa que el cariotipo y no permite estudiar la dotación cromosómica completa fetal. Frente a los estudios citogenéticos clásicos, presenta ventajas como un menor coste, posibilidad de automatización y rapidez en el diagnóstico, no siendo necesario el cultivo de la muestra. Como desventajas se presentan los fallos de detección de aneuploidías de otros cromosomas diferentes al 13, 18, 21, no detección de pequeños mosaicismos de estos cromosomas y no detección de anomalías estructurales.
- La tasa de falsos negativos de la QF-PCR fue mayor que la detectada en los análisis citogenéticos y se obtuvo principalmente en mosaicismos y anomalías estructurales. Las trisomías de los cromosomas 13, 18 y 21 fueron las patologías con menor número de falsos negativos, siendo, por tanto, de mayor rentabilidad diagnóstica. Sólo un estudio presentó un resultado falso positivo, debido a mosaicismo confinado en la placenta.
- En los estudios localizados no se describieron resultados referidos a la seguridad. Al ser una técnica invasiva no exenta de riesgo, sería relevante conocer los datos obtenidos sobre posibles eventos adversos relacionados con la recogida de la muestra mediante registro de eventos adversos.
- Se ha localizado una única experiencia en el Reino Unido que recomienda la realización de QF-PCR para el diagnóstico prenatal de síndrome de Down en embarazos con un riesgo superior a 1/150 en el cribado prenatal de síndrome de Down. Para el resto de las indicaciones la técnica diagnóstica elegida es el cariotipo. En otros países, como Suecia y Holanda, se ofrece a las embarazadas la posibilidad de elegir entre cariotipo o QF-PCR.
- En España, en concreto en la Comunidad de Asturias, se ha comenzado a recomendar como técnica única la QF-PCR, aunque señalan la conveniencia de ser prudente y solicitar ambas pruebas por el momento. Indican que la QF-PCR es admisible para gestaciones con prueba de cribado positiva, pero el cariotipo debe realizarse de forma simultánea si hay antecedentes familiares o personales de anomalías cromosómicas o datos ecográficos positivos.
Background.
Fetal chromosomal abnormalities are congenital diseases that represent a important problem of health. They are main cause of perinatal mortality and childhood disability. The diagnosis of fetal chromosomal abnormalities consists in the analysis of fetal cells found in the amniotic fluid or chorionic villi. Prenatal chromosomal analyses are used since seventies years. The analysis of fetal cells is performed by conventional cytogenetic analysis, or by techniques based on molecular genetics and cytogenetics. QF-PCR is a polymerase chain reaction technique (PCR) to analyze specific short tandem repeat (STR) markers for target chromosomes. The number of chromosomal alleles and the fluorescence intensity are analyzed, allowing us to know the number of chromosomes in each cell.
Objective.
To assess the utility in terms of accuracy and safety of QF-PCR in prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities in high risk pregnancies.
Material and Methods.
A systematic review was performed with accuracy and safety of QF-PCR in prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities in high risk pregnancies in invasive samples (amniotic fluid or chorionic villi). A systematic search for documents was conducted in the bibliographic databases MEDLINE (Ovid), EMBASE, Science Citation Index expanded and PREMEDLINE up to September 2013. Specific search for systematic review was performed on the database of Cochrane Collaboration, CRD, INAHTA, NICE, CADTH and AUnETS. After data extraction, a qualitative synthesis for the accuracy results was performed. The studies were classified en two groups: screening programmes for fetal chromosomal abnormalities and primary studies that assessed the accuracy.
Results.
5 documents were included for extraction of accuracy results. Moreover, 4 screening programmes for fetal chromosomal abnormalities were selected.
+ In 5 selected studies, detection of fetal chromosomal abnormalities in high risk pregnancies by QF-PCR had a sensibility between 82 % and 100 % and specificity between 99 % and 100 %.
+ By using QF-PCR as a stand-alone test for prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities, in the 5 studies, a false negative rate between 0 and 18 % was obtained.
+ Only one study presents a false positive and reported as trisomy 13 by QF-PCR. The false positive rate was 1 % for this study.
+ In 4 of the 5 included studies was obtained between 99 % and 100 % positive predictive value. The negative predictive value could only be calculated in a studio and the result was 98 %.
+ Among the chromosomal abnormalities not detected by QF-PCR, were found structural abnormalities such as translocations, deletions, inversions, supernumerary markers that do not contained any of the chromosomal markers analyzed, mosaicism with presence of an abnormal cell line in less than 15 % of the sample and different aneuploidies to those involving chromosomes 13, 18 and 21.
+ Results related to safety were no found in the included studies.
Conclusions.
+ The QF-PCR is a technique less accurate than the karyotype and not allowed to study the whole fetal chromosomes. From the classic cytogenetics, QF-PCR offers advantages such as lower cost, possibility of automation and speed in diagnosis, not being necessary culturing the sample. Missed detection of different aneuploidies that involve chromosomes 13, 18, 21, no detection of small mosaicism of these chromosomes and no detection of structural abnormalities are presented as disadvantages. Technical failures are mainly due to maternal contamination.
+ The false negative rate of the QF-PCR was higher than that detected in the cytogenetic analysis and was obtained mainly in mosaicism and structural abnormalities. Trisomies of chromosomes 13, 18 and 21 were the diseases with fewer false negative, with higher diagnostic yield. Only one study had a false positive result due to confined placental mosaicism.
+ In studies localized no results related to safety were described. Being a risk invasive technique would be relevant to know the data obtained on possible adverse events related with sample collection by record of adverse events. -! It was located a unique experience in the UK recommends performing QF-PCR for prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities in pregnancies at higher risk to 1/150 in prenatal screening for Down syndrome. For all other indications the diagnostic technique of choice is the karyotype. In other countries, such as Sweden and Holland, the choice between QF-PCR and karyotyping is offered to pregnant.
+ In Spain, specifically in the Community of Asturias, has started recommending QF-PCR as a stand-alone test although they argue the convenience of being prudent and request both tests yet. They indicate that QF-PCR is eligible for pregnancies with positive screening test, but the karyotype must be performed simultaneously if there is a family or personal history of chromosomal abnormalities or positive echographic data record.
Fetal chromosomal abnormalities are congenital diseases that represent a important problem of health. They are main cause of perinatal mortality and childhood disability. The diagnosis of fetal chromosomal abnormalities consists in the analysis of fetal cells found in the amniotic fluid or chorionic villi. Prenatal chromosomal analyses are used since seventies years. The analysis of fetal cells is performed by conventional cytogenetic analysis, or by techniques based on molecular genetics and cytogenetics. QF-PCR is a polymerase chain reaction technique (PCR) to analyze specific short tandem repeat (STR) markers for target chromosomes. The number of chromosomal alleles and the fluorescence intensity are analyzed, allowing us to know the number of chromosomes in each cell.
Objective.
To assess the utility in terms of accuracy and safety of QF-PCR in prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities in high risk pregnancies.
Material and Methods.
A systematic review was performed with accuracy and safety of QF-PCR in prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities in high risk pregnancies in invasive samples (amniotic fluid or chorionic villi). A systematic search for documents was conducted in the bibliographic databases MEDLINE (Ovid), EMBASE, Science Citation Index expanded and PREMEDLINE up to September 2013. Specific search for systematic review was performed on the database of Cochrane Collaboration, CRD, INAHTA, NICE, CADTH and AUnETS. After data extraction, a qualitative synthesis for the accuracy results was performed. The studies were classified en two groups: screening programmes for fetal chromosomal abnormalities and primary studies that assessed the accuracy.
Results.
5 documents were included for extraction of accuracy results. Moreover, 4 screening programmes for fetal chromosomal abnormalities were selected.
+ In 5 selected studies, detection of fetal chromosomal abnormalities in high risk pregnancies by QF-PCR had a sensibility between 82 % and 100 % and specificity between 99 % and 100 %.
+ By using QF-PCR as a stand-alone test for prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities, in the 5 studies, a false negative rate between 0 and 18 % was obtained.
+ Only one study presents a false positive and reported as trisomy 13 by QF-PCR. The false positive rate was 1 % for this study.
+ In 4 of the 5 included studies was obtained between 99 % and 100 % positive predictive value. The negative predictive value could only be calculated in a studio and the result was 98 %.
+ Among the chromosomal abnormalities not detected by QF-PCR, were found structural abnormalities such as translocations, deletions, inversions, supernumerary markers that do not contained any of the chromosomal markers analyzed, mosaicism with presence of an abnormal cell line in less than 15 % of the sample and different aneuploidies to those involving chromosomes 13, 18 and 21.
+ Results related to safety were no found in the included studies.
Conclusions.
+ The QF-PCR is a technique less accurate than the karyotype and not allowed to study the whole fetal chromosomes. From the classic cytogenetics, QF-PCR offers advantages such as lower cost, possibility of automation and speed in diagnosis, not being necessary culturing the sample. Missed detection of different aneuploidies that involve chromosomes 13, 18, 21, no detection of small mosaicism of these chromosomes and no detection of structural abnormalities are presented as disadvantages. Technical failures are mainly due to maternal contamination.
+ The false negative rate of the QF-PCR was higher than that detected in the cytogenetic analysis and was obtained mainly in mosaicism and structural abnormalities. Trisomies of chromosomes 13, 18 and 21 were the diseases with fewer false negative, with higher diagnostic yield. Only one study had a false positive result due to confined placental mosaicism.
+ In studies localized no results related to safety were described. Being a risk invasive technique would be relevant to know the data obtained on possible adverse events related with sample collection by record of adverse events. -! It was located a unique experience in the UK recommends performing QF-PCR for prenatal diagnosis of chromosomal abnormalities in pregnancies at higher risk to 1/150 in prenatal screening for Down syndrome. For all other indications the diagnostic technique of choice is the karyotype. In other countries, such as Sweden and Holland, the choice between QF-PCR and karyotyping is offered to pregnant.
+ In Spain, specifically in the Community of Asturias, has started recommending QF-PCR as a stand-alone test although they argue the convenience of being prudent and request both tests yet. They indicate that QF-PCR is eligible for pregnancies with positive screening test, but the karyotype must be performed simultaneously if there is a family or personal history of chromosomal abnormalities or positive echographic data record.