Denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC). Use and utility in massive genotyping.

2008
ANÁLISIS CLÍNICOS, ONCOLOGÍA MÉDICA
TEC. SANITARIA. EXCLU. MED.
INFORMES DE EVALUACIÓN
+ Año
2008
+ Áreas de Conocimiento
ANÁLISIS CLÍNICOS, ONCOLOGÍA MÉDICA
+ Tipo Tecnología
TEC. SANITARIA. EXCLU. MED.
+ Línea de Producción
INFORMES DE EVALUACIÓN
Con el objetivo de explorar los actuales usos diagnósticos de la DHPLC, valorar su validez analítica y clínica y plantear las posibles consecuencias de su introducción en entornos asistenciales, se realizó una revisión sistemática de la literatura y una evaluación económica. Los autores concluyeron que la DHPLC muestra en la actualidad un amplio espectro de utilidades en el estudio molecular de multitud de genes, incluido el análisis para diagnóstico clínico. La posible incorporación de la DHPLC en laboratorios clínicos para cribado de mutaciones genéticas, podría incidir en la disminución del número de muestras a las que realizar secuenciación de DNA que es una técnica más costosa.
Antecedentes y justificación:
Los continuos y progresivos avances en el conocimiento del genoma humano y sus posibles alteraciones, así como sus influencias en los estados de salud y enfermedad, han redundado en la incorporación de nuevas pruebas genéticas en la cartera de servicios de los laboratorios clínicos; esto, sumado a la creciente solicitud de pruebas genéticas al uso, ha incrementado la actividad de dichos laboratorios. Parte de ella la compone la detección de variantes genéticas, las cuales pueden precisar en ciertos casos, la secuenciación directa del DNA para su diagnóstico de certeza. El incremento de demanda de estas pruebas, plantea el empleo de técnicas de cribado de variantes genéticas, a fin de disminuir el número de casos objeto de secuenciación de DNA.

Objetivos:
El objetivo global será plantear la pertinencia y viabilidad de implantación de la DHPLC en ámbitos clínicos asistenciales, para su empleo como herramienta de diagnóstico genético. A tal efecto se explorarán los actuales usos diagnósticos de la DHPLC, atendiendo a su utilización en los oncogenes BRCA 1, BRCA 2, APC, RET y genes relacionados con encefalomiopatías mitocondriales. Se valorarán la validez analítica y clínica de dicha técnica y se plantearán las posibles consecuencias de su introducción en entornos asistenciales, orientando estos datos a una ulterior evaluación económica. Dicha evaluación consistirá en considerar la ratio costeefectividad incremental (ICER) como medida de resultado y comparar los diferentes ICERs de las estrategias de detección de variantes en los genes anteriormente citados.

Metodología:
Revisión sistemática de la literatura en las bases de datos referenciales MEDLINE y EMBASE, recuperando los artículos que observaron el uso de DHPLC en el análisis de los oncogenes BRCA 1, BRCA 2, APC, RET y genes relacionados con enfermedades mitocondriales Los estudios encontrados se evaluaron siguiendo las recomendaciones para estudios de pruebas diagnósticas de la iniciativa STARD, así como recomendaciones de diferentes instituciones para evaluar pruebas genéticas. Se procedió a una posterior selección de artículos, recuperando aquéllos que mostraban resultados cuantitativos; dichos artículos fueron evaluados según la guía CASPe. Para la evaluación económica se diseñó un análisis coste-efectividad utilizando un modelo determinístico a través de un árbol de decisión; la estrategia seguida a tal fin consistió en comparar el cribado con DHPLC frente a la secuenciación sistemática (considerada ésta como patrón de oro).

Resultados:
De 286 artículos obtenidos en la búsqueda, sólo se han seleccionado 61 que cumplen los criterios de inclusión. Se ha observado una gran heterogeneidad en los artículos, no sólo por la diversidad de genes propuestos, sino por la adicional variedad de diseños y resultados. La mayoría de ellos eran estudios transversales. Con la segunda selección, resultó un total de 18 artículos que, tras evaluarse con la guía CASPe, obtuvieron una puntuación entre 7 y 9 (sobre 10). En general, las sensibilidades de la DHPLC observadas fueron próximas al 100%. En cuanto a la valoración económica, las medidas de efectividad utilizadas fueron el número de casos encontrados y de casos efectivos (diferencia entre los casos encontrados y los casos perdidos). Tras extraer los costes de la literatura, se consideró la ratio coste-efectividad incremental (ICER) como medida de resultado. Se observó un ICER de 278,13€ para los casos encontrados y de 139,07€ para los casos efectivos, al comparar la DHPLC con la secuenciación. Los análisis de sensibilidad mostraron que en el supuesto de que la prevalencia de muestras con mutaciones genéticas superara el 82% para los casos efectivos y el 85% para los casos encontrados, la secuenciación sería la estrategia con mejor ICER; por el contrario, con porcentajes inferiores la DHPLC mantiene el mejor ICER.

Conclusiones:
La DHPLC muestra en la actualidad un amplio espectro de utilidades en el estudio molecular de multitud de genes, incluido el análisis para diagnóstico clínico. Entre otros, se utiliza para la detección de variantes en los oncogenes BRCA 1, BRCA 2, APC, RET y genes relacionados con enfermedades mitocondriales. La posible incorporación de la DHPLC en laboratorios clínicos para cribado de mutaciones genéticas, podría incidir en la disminución del número de muestras a las que realizar secuenciación de DNA. Al plantear dicha estrategia de cribado hay que considerar que la secuenciación sistemática de DNA resulta más costosa (con un ICER de 278,13€) pese a ser más efectiva (lo cual es obligado al tratarse del patrón de oro).
Background:
Continuous and progressive advances on human genome’s knowledge as well as on its influences on health and disease have resulted in adding new genetic tests to clinical lab services. In addition to this, the growing request for genetic tests to be used has increased these labs’ activities. Part of their tasks is composed of detecting genetic variants which can specify, in some cases, DNA direct sequencing for an accurate diagnostics. Demand’s increase involves using techniques to screen genetic variants with the purpose of decreasing the number of cases subject to DNA sequencing.

Objectives:
The overall objective is dealing with appropriateness and viability to implant DHPLC in clinical care areas to be used as genetic diagnostic tool. For that purpose, current diagnostic uses of DHPLC are further studied addressing its use in BRCA 1, BRCA 2, APC, RET oncogenes and genes related to mitochondrial encephalomyopathies. The analytical and clinical validity of such technique is being assessed; and the possible consequences of its introduction in care areas are being dealt with by guiding these data towards a subsequent economic assessment. The evaluation is consisting in considering incremental cost-effectiveness ratio (ICER) as result measure and in comparing different ICER of strategies to detect variants in the before mentioned genes.

Methodology:
Systematic review of literature was run on MEDLINE and EMBASE reference data bases. There were retrieved the papers that dealt with the use of DHPLC in the analysis of BRCA 1, BRCA 2, APC, RET, oncogenes and genes related to mitochondrial diseases. The papers found were assessed following the advices on diagnostic tests by the STARD initiative, as well as recommendations by different institutions on assessing genetic tests. Afterwards the papers were selected, and those showing quantitative results were retrieved. The papers were assessed according to CASPe guidelines. For the economic assessment, a cost-effectiveness analysis was designed by using a deterministic model through a decision tree; the strategy followed for that purpose consisted in comparing screening with DHPLC as opposed to systematic sequencing (which was considered as gold-standard).

Results:
Only 61 out of the 286 papers found were selected that met the inclusion criteria. Great variety was observed in the papers not only for diversity in the genes proposed in the present study but also for variety in designs and results. Most of them were transversal studies. A second selection got a total amount of 18 papers that, after being assessed with CASPe guidelines, achieved a score between 7 and 9 (out of 10). Generally speaking, DHPLC sensitivity observed were next to 100%. As regards to the economic assessment, the effectiveness measures used were the number of cases found and the number of effective cases (difference between cases found and cases lost).After extracting costs from literature, the incremental cost-effectiveness ratio (ICER) was considered as result measure. It was observed that ICER reached 278.13€ for the cases found and 139.07€ for effective cases when comparing DHPLC with sequencing. Sensitivity analysis showed in case the prevalence of the gene mutation samples overpassed 82% for effective cases and 85% for the cases found, the sequencing would be the strategy with the best ICER. However, if lower percentages were the case, DHPLC would maintain the best ICER.

Conclusions:
DHPLC shows nowadays a wide range of utilities in the molecular study of a multiplicity of genes, including the analysis for clinical diagnostics. Among others, it is used to detect variants in BRCA 1, BRCA 2, APC, RET oncogenes and genes related to mitochondrial diseases. The possible introduction of DHPLC in clinical labs to screen genetic mutations sequences could influence the decrease in number of samples to which DNA sequencing will be performed.When such screening strategy is raised, there must be taken into account that DNA systematic sequence costs more (ICER: 278.13€) despite being more effective (which is mandatory as it is about the gold-standard).
AETSA 2006-07 DHPLC (763.4 KiB, 42 downloads)