La actividad científica de la Agencia se estructura en las siguientes líneas:

La Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias de Andalucía (AETSA) tiene como objetivo facilitar información de calidad, científica, en lenguaje no técnico, para ayudar e implicar a los ciudadanos en los procesos de toma de decisiones relacionadas con su salud. El propósito final de las diferentes acciones que se van a realizar es mejorar la calidad de vida de los individuos y de la comunidad.

Entre las acciones más significativas en esta línea destacan la elaboración de informes de evaluación en versión ciudadanos, la Línea de Atención al Ciudadano y la elaboración de Herramientas de Ayuda a la Toma de Decisiones.

La AETSA, además de generar conocimiento proporcionando la mejor evidencia disponible para la práctica clínica, tiene como objetivo fomentar la cultura evaluativa entre los profesionales del SSPA, promoviendo la formación y el intercambio de conocimientos y experiencias sobre evaluación de tecnologías en colaboración con el resto de agentes del Sistema.

A partir de 2009, las acciones formativas organizadas por la Agencia serán acreditadas por la Agencia de Calidad Sanitaria de Andalucía.

Entre las acciones más relevantes en esta línea destacan las estancias formativas de profesionales, la rotación de personal sanitario en formación, las actividades de formación propias y las realizadas como Centro Colaborador Cochrane Iberoamericano y el mantenimiento del programa de Diseminación Selectiva de Información. Se fomentará la realización de proyectos de investigación a través de convocatorias públicas de financiación.

Las tecnologías sanitarias deben incorporarse y usarse bajo criterios de equidad y evidencia científica, trabajando en líneas que permitan avanzar hacia un sistema más sostenible y orientado a resultados. Asimismo, debe evitarse la existencia de variabilidad en las tasas de utilización de procedimientos y tecnologías, que en entre otros factores son debidas a la incertidumbre a que está sujeta la práctica clínica con los consiguientes problemas de seguridad además de inequidad que puede conllevar.

Las acciones más relevantes en esta línea se basan en la elaboración de informes de evaluación, el reforzamiento del papel de las Comisiones de Evaluación de Tecnologías Sanitarias, la realización de estudios de variabilid en la práctica clínica y proporcionar apoyo y respaldo científico al desarrollo de los procesos asistenciales y a las iniciativas en seguridad del paciente del Sistema Sanitario Público de Andalucía.

Esta línea tiene como objetivo principal la integración de los recursos disponibles en el sistema para el desarrollo y consolidación de la evaluación sistemática de la eficacia, seguridad y eficiencia de los fármacos.

La adscripción funcional del Centro Andaluz de Información y Documentación de Medicamentos (CADIME) en 2009 supone un impulso relevante a esta línea.

Las acciones más relevantes para el futuro próximo consisten en la coordinación de la Estrategia de Evaluación de Fármacos de Alto Impacto para el SSPA, así como la participación en el Comité de Evaluación de Medicamentos de la Sociedad Andaluza de Farmacia Hospitalaria para la selección de los fármacos a incluir en la Guía Farmacoterapéutica del Servicio Andaluz de Salud y en el grupo de evaluación de Medicamentos creado a nivel europeo en el seno de la Red Europea de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (EUNEHTA).

Es necesario el impulso de la colaboración con otros organismos relacionados con la evaluación de tecnologías sanitarias de ámbito nacional e internacional al objeto de aumentar las oportunidades de compartir recursos, conocimientos y productos ya que todo ello redundará en una mayor eficiencia y una mejora de los productos y servicios de la Agencia al SSPA.

Entre las acciones previstas más relevantes se encuentra el mantenimiento de la colaboración con el Instituto Joanna Briggs y la Asociación Colaboración Cochrane Iberoamericana con el fin de promover la investigación y apoyar la formación y difusión de resultados en materia de investigación sanitaria. En materia de colaboración internacional la Agencia será miembro fundador de la Red Europea de Agencias de Evaluación de Tecnologías Sanitarias.